2枚存在する請負契約書は普通ですか？

[匿名さん]

現在工事も大詰めとなり、引き渡し間近となりました。
最終のローン実行を控え、追加工事分の見積を工務店が持ってきたのですが、そこに契約当初に交わした工事請負契約書のコピーも挟まっいたのですが、私達が持っている物と内容は一緒なのに、金額が違っていました。
手付金100万を払っているところ、50万と記載されています。物件総額も私達の持っている原本では仮に2000万とすると、工務店が持ってきたコピーは1950万となっているという感じです。
何故か全体的に50万差し引かれた金額に改竄？されているのです。
こちらが払うローン金額は変わらないのですが、何故金額の違う契約書が2枚存在するのか？
因みに私が持っているのは間違いなく原本で、収入印紙も貼っています。
ただコピーの方にも収入印紙は貼っているみたいで、本当にそっくりな、金額だけ違う契約書が二通存在しています。
社内の処理的な問題でこうなっているのでしょうか？またこういう事は小さい工務店では当たり前の事で私達がそこまで気にするような事でもないのでしょうか？初めての事にとまどい、どうしていいいかわかりません。
一応担当には指摘しましたが、問題はない。というような回答です。
損をしているわけではないですが大きな金額の重要な契約書の事なのでモヤモヤします。
どなたか詳しい方、至急アドバイスお願い致します。