売主が破産したマンションの補修点検は？

[2年目理事長]

昨年3月引き渡し、10月に6ヶ月点検実施。
今年3月に1年目無料点検補修の予定でしたが2月末に売主破産。
ゼネコンにより、１年・２年の占有・共用部一緒の無料補修を10月に予定しましたが、
7月末にゼネコン倒産、民事再生となり、無料工事は一切出来なくなりました。

先日、ゼネコンによる補修点検が実施されましたが、見積もり高額。
管理会社の担当者に指示し、2年保障を付けている建具、住設はメーカーに直接交渉、
個別対応可能になりましたが、
建築工事の範疇のクロス・フローリング・躯体補修等は全て有償で最高単価が付いています。
ここで問題なのが料金の支払い方法。
クロス工事なんかは件数まとめれば1件当りの単価は安くなると思いますが、
総額を補修件数で割るか、項目別戸別精算にするか。修繕積立金を充当するか・・・

似たようなケースが結構多いのではないでしょうか？と思い、皆さんの意見をお聞きしたいと思います。よろしくお願いします。