仕上げてしまった作りつけの棚を再作成してもらえるか？

[匿名さん]

引渡しまであと半月と迫った自宅の新築。設計事務所＋地元の工務店のタッグで家づくりをしています。

先日、進捗確認のため現場を訪れたとき（日曜日につき現場に職人さんは不在）、ある場所の作りつけの棚の高さが打ち合わせと違うことに気がつきました。
幅30cm、奥行き20cmの棚は三方を囲まれており、堅牢に作りつけられています。
塗装など仕上げも終わっています。
建築確認用設計図面は地上高110cmで記載されているのですが、妻が打ち合わせの中で100cmに変更してほしいと要望してあったらしいです。

状況をまとめます。
・妻は変更要望を打ち合わせ時点で伝えたと言っていますが、それを客観的に証明する記録が紙ベース等で残っていない。
・紙ベースで残っていないため、要望を伝えたことに100%の自信を持っているわけではない。
・現在所持している最新の立面図は建築確認用図書として作成された冊子であり、そこには110cm記載されているが、100cmに変更してほしい旨の付箋が妻の手書きで残っている。再作成された図面は存在しない。
・現場工事が進む中で、作りつけられた棚の高さを確認しないまま、仕上げもされ今に至る。言い換えれば、施主として棚の高さの確認を怠っていたとも言える。

工務店と設計サイドには照会中で、明日にも回答が来るでしょう。

こんな状態で、私たちの要望は棚の高さを直してほしいです。
知りたいことは。
・どういう構造・作り方になっているか、見た目全くわからないのですが、一般的にいちど仕上げられた作り付けの棚を再作成することは技術的に現実的に可能かどうか？
・このような状態で、これを設計・施工サイドの瑕疵と主張することは適切か否か。

私たちは良い関係である設計さんや施工さんと争う気はありません。必要であれば追加費用も検討しています。
しかし、客観的なご意見やアドバイスをいただければと思い、スレを立てさせていただきました。
どうぞよろしくお願いいたします。