フラット３５の審査の流れについて（期間）

[購入検討中さん]

現在、フラット35の審査中の者です。

私は33歳、所属は会社員なのですが、いわゆる「給与所得以外のもの」に該当（事業所得の扱い）のため確定申告者です。
今回は実家を建て替えて親との二世帯戸建を建築予定です。

注文住宅でハウスメーカー経由にてフラット３５Ｓの申し込みをいたしました。
そこのハウスメーカーが提携でやっているフラットで、窓口金融機関の行う「事前審査」には私の属性もあってか
『留保』（本審査申込をしてみなくてはわからない）との回答でした。

その１か月後に、建築プランや書類をまとめてハウスメーカー経由でそちらに本審査に出しました。（←3月20日頃）

細かい部分（提出書類の訂正や補足など）で追加書類（というほどのものでもない）の再提出などを求められ、
4月4日にそれらをメーカーに提出しました。
そして4月11日に窓口金融機関から会社の私宛に在籍確認が入りました。
一応本人であるかということなどを聞かれ「ではこれで～」とあっさり電話を切られそうになったので、
「すみません、審査の結果はあとどれくらいででるのでしょうか？」と尋ねると、
「はい、おそらく明日にでも機構の方に書類をまわしそれから機構の審査に入りますので、もう少しかかります…
機構の方から追加書類を出してくださいと言われるかもしれませんし…」
と言われました。

掲示板等を拝見して私の認識では「本審査は機構が行う」と思っていたので、
「えっ、これからやっと機構に送るの！？」という感覚だったのですが、本当のところフラットの本審査はどういう流れなのでしょうか？

実際は「窓口金融機関→機構」の2段階審査ということなのですか…？
それともたとえば「人の審査」は窓口金融機関、「物件の審査」は機構がやる…というように審査の役割を内部で分けていたりするのでしょうか？？
皆さんもそうだと思いますが、さすがに一か月近くになってくると「大丈夫なのだろうか？」といろいろ疑心暗鬼になってきます。
ここまで待って「否認されました」と言われると正直ショックです。

可能性含めいろいろ教えてください。

≪状況≫
申込商品　　：フラット３５Ｓ
購入物件価格：3,750万円（←でもこの中にはそのハウスメーカー見積で家具代とかも200万くらい入っちゃってます）
自己資金　　：　150万円＋融資事務手数料(60～70万くらい)
自己資金不足分の補助ローン：225万円（こちらはその窓口金融機関のフラットの付加商品です）

≪属性≫　36歳（男）扶養家族：妻(収入なし)と娘（5歳）。同居親族：左記家族以外では母(66歳)のみ

　　　　　会社員（ただし事業所得者）　勤続6年目。
　　　　　年収（申告所得額）前年710万円、前々年690万円　の2年分で提出。
　　　　　ちなみに「所得の証明の為の書類」は確定申告書コピー2年分と税務署の納税証明書（その１・その２）2年分です。

　　　　　その他借入等は一切ありません。（過去に延滞もしたことありません）
　　　　　クレジットカードは一枚だけ保有してますが、ここ数年はほとんど使ってません（キャッシング限度額50万円）
　　　　　ちなみに割賦購入の携帯電話の本体代は残り2万くらいでしたので今月の通話料とともに完済予定です。
　　　　（ということも申込書に書きました。）

以上、長くなりましてすみません。
アドバイス宜しくお願いします。