1階と2階の「のり」について

[パルコ]

　在来軸組工法で建築予定です。間取りをほぼ決める段階に
なったのですが、1階と2階の壁があまり揃っていないのです。

　自分達の希望の間取りを出したら、工務店がそれを少し
手直ししてきちんとしたものにしてくれたのですが、
1階と2階では北面（11.8m）と東面（7.7m）の外周の壁と
内側の壁が若干揃っているだけです。
　南面は東半分弱は上にベランダがのっていて、西半分は
2階より1階の方が３尺出ています。
　西面はすべて2階より1階の方が3尺出ています。

　耐震性のことを考えたら、1・2階の壁はなるべく揃って
いた方がいいというのを本で見て不安になってきて、
西面だけでも1・2階を揃えようかなと悩んでいます。
工務店の方は揃えても強度的には大差はないので、
それなら気に入った間取りを選んだ方がいいと
言うのですが・・・

　アドバイスを下さい。よろしくお願いします。