建築確認書類との誤差

[ウメッキー]

建築条件付土地を購入し、指定業者で家を建てることになりました。（２階建て新築一戸建て）
建築確認書類が上り、基礎工事が始まったのですが、現場を確認すると建築確認書類に記載されていたダブル配筋ではなく、シングル配筋でした。
業者に確認するとダブル配筋はこの業者の３階建て使われる仕様であり、２階建てはシングル配筋との事でした。設計事務所が３階建ての仕様と間違って建築確認申請をしており、基礎工事業者がそれに気付いて、いつもの２階建ての仕様のシングル配筋に戻したとの事です。
この様に建築確認申請書類と違う工法で工事が進むことは許されるのでしょうか？
ご存知の方はお教え下さい。宜しくお願い致します。