実測と公図が大幅に違う土地

[購入検討中さん]

購入検討中の土地についてお尋ねします。
不動産屋の資料では地番は３５０１番地で正方形で、四方にきちんと境界杭も打ち込まれており、実測した測量図もあるのですが、念のため法務局で該当の土地について公図を閲覧したところ、１つしかない地番であるはずなのに、その土地の中には３５０１−３とか３０２１とか５つもの区画があり、さらにその中の３つの区画は隣家へ越境していました。しかし現地にはそれら５つの区画を示す境界杭はありません。
素人で変な質問かもしれませんが、このような複数の区画があるケースは多いのでしょうか？また、現在の１地番で４つの杭と、それが記されている実測測量で登記などできるのでしょうか。
さらに、災害などで塀や境界杭が壊れたりした場合は、実測図と公図どちらが有効になるのでしょうか？実測図通りに公図を変更させることは可能でしょうか？またそれは司法書士でなく私でも手続き（ユーザー登記のように）できるのでしょうか。
ご教示いただければ幸いです。